港珠澳大桥可通行车辆包括跨境巴士、穿梭巴士、跨境出租车、货运车辆、跨境私家车等。其中，大桥开通首年安排粤港、港澳跨境巴士配额共200个；口岸穿梭巴士为大桥粤港及港澳口岸之间的主要交通工具，提供频密接驳服务，不受配额限制。通关方面，港珠澳实施“三地三检”24小时通关，珠澳实行“合作查验、一次放行”。三地口岸还为旅客提供多种出入境交通换乘方式。港珠澳大桥香港口岸处于大屿山四通八达的交通网络之内，旅客可在珠海或澳门口岸办理出境手续，搭乘口岸穿梭巴士前往香港口岸，完成入境手续后转乘各种交通工具；旅客也可使用跨境巴士、跨境出租车或跨境私家车，从珠海或澳门经大桥直接前往香港。
收费方面，港珠澳大桥全线设置一处主线收费站，双向共有20条收费车道。收费标准为7座以下私家车、出租车每车次150元，过境巴士每车次200元，穿梭巴士每车次300元，普通货车每车次60元，货柜车每车次115元。港珠澳大桥穿梭巴士有限公司于10月19日正式发布穿梭巴士票价。其主要线路有两条，包括往返香港口岸与珠海口岸的港珠线、往返香港口岸与澳门口岸的港澳线，两条线路的穿梭巴士票价相同。