国家南海博物馆定位国际一流的大型现代化国家级综合性博物馆，是一座以收藏、保护、研究南海相关物证，多角度、多层面展示宣传南海悠久历史、灿烂文化、丰富自然资源的公益性文化机构，由展陈、业务保障、科研教育、科研服务四部分组成。项目规划总用地面积150亩，建筑总面积70870平方米，总投资估算10亿元人民币，计划2017年投入使用。
未来该基地将持续加强对西沙群岛直至南海诸岛海域水下文物的保护、挖掘和研究工作，以提升辐射南海水下文化遗产保护工作的能力，确保水下文化遗产安全，为南海海域的权属问题提供更多、更有力的历史依据，维护国家领土完整，保障国家主权和文化安全。同时也为推动临海产业布局与海岸线保护开发、海洋资源综合利用和生态保护、海洋服务能力体系建设、实施国家海洋发展战略和经济社会发展做出贡献。
项目选址在琼海市潭门中心渔港，是海南东部沿海最大的中心渔港，通往南海的重要港口之一。